自然人直接持股架构，存在3个20%个人所得税风险。

3、用未分配利润、盈余公积等转增资本，也会涉及20%个税。

自然人直接持股架构，若是出现股东矛盾，存在控制权风险，甚至失去控制权而被出局。

自然人直接持股架构，若是引进外来投资者，会稀释原来股东的占比，若是被稀释到50%以下，逐渐失去控制权。

自然人直接持股架构，不便于财富传承。

自然人直接持股架构，不便于上市。

自然人直接持股架构，不便于行业整合和产业链整合。

自然人直接持股架构，不便于内部骨干的股权激励。

自然人直接持股架构，影响企业整体打包的市值和估值。

自然人直接持股架构，影响企业对外融资。

自然人直接持股架构，当公司注销的时候，股东投资损失没法税前扣除，也就是浪费了这部分损失了。

自然人直接持股架构，自然人股东缺钱的时候，经常拿着虚开的发票到公司报销来套取资金，面临虚开发票的风险。